Course syllabus

Kurs-PM

KBT016 Biochemistry and biotechnology lp1 HT20 (7,5 hp)

Kursen ges av institutionen för Biologi och bioteknik

 

Kontaktuppgifter

Kursansvarig och examinator:

Cecilia Geijer (CG), cecilia.geijer@chalmers.se, tel. 772 3852, rum 3051 (i fysikhuset)

Övriga lärare:             

Johan Larsbrink (JL), johan.larsbrink@chalmers.se, tel. 772 3839, rum 3050A (i fysikhuset)           

Labbhandledare:          

Amanda Sörensen Ristinmaa (ASR), amandar@chalmers.se, tel 772 3846, rum 3047 (i fysikhuset).

 

Kursens syfte

Att förmedla baskunskaper om biokemiska strukturer och reaktioner samt ge en inblick i biokemiska separationsmetoder. Att ge en introduktion till bioteknik genom att förmedla baskunskaper i genteknik, mikrobiologi och mikrobiell odling och ge inblick i några viktiga biotekniska processer.

 

Schema

Länk till schemat hittar du här TimeEdit

Se även detaljerat innehåll med läsanvisningar i pdf filen för kursPM (finns under Files)

 

Kurslitteratur

John L Tymoczko, Jeremy M Berg, Lubert Stryer, Biochemistry: A Short Course, 4^th Ed, International Edition. ISBN 978-1-319-24808-6, Finns bl a på Cremona.

Delar av kap 5, 6, 19 ur Lansing M. Prescott, John P. Harley, Donald A. Klein, Microbiology, 3rd Ed, Finns kopierat som pdf på Canvas.

Utdelat material och Laborationshandledningar finns under Files

 

De avsnitt i kursboken som behandlar relevanta delar för kursen är angivna vid respektive föreläsning i det separat utdelade schemat. Materialet i kapitel 2 är sådant som har gåtts igenom i tidigare kurser men kan med fördel läsas som repetition inför denna kurs. Varje kapitel avslutas med en lista av ”key terms” som på ett kortfattat sätt listar det viktiga i kursen. Därför är det viktigt att kunna förklara/förstå dessa termer.

 

Kursens upplägg

Teorin gås igenom på föreläsningar (se detaljschemat för innehåll), och repeteras genom övningar, laborationer och inlämningsuppgifter. Tanken med schemat är att all teori ska ha gåtts igenom innan laborationskursen drar igång för att möjliggöra rejält med tid för inläsning och repetition.

Kommunikation med lärare och handledare bör ske via email eller personlig kontakt.

 

Följande moment ingår:

Celler: Den levande cellens struktur och organisation. Uppbyggnad av prokaryota och eukaryota celler, olika organellers funktion, växtceller och djurceller, tillväxt och odling

Biomolekylers uppbyggnad: Aminosyror, proteiner, enzymer, kolhydrater, fetter samt nukleinsyror. Enzymkatalyserade reaktioner. Allosteriska enzymer, allosterisk kontroll samt enzymkinetik enligt Michaelis-Menten modellen.

Bioenergetik och metabolism: Drivkraften för biokemiska reaktioner. Energibevarande processer som oxidativ fosforylering och fotofosforylering. Reaktionsvägar för katabolism. Reglering av biokemiska förlopp.

Information: De molekylära processerna för prokaryot replikation, transkription och translation. Reglering av genuttrycket.

Bioteknik: Bioteknisk produktion med mikrobiell odling. Grunderna för rekombinant DNA-teknik. Restriktionsenzymer. Vektorer. Kloning. DNA-bibliotek. PCR. RFLP:s. Genterapi. Transgena organismer.

 

Bilder från föreläsningarna finns under Files och bör finnas där senast två dagar innan resp. föreläsning.

Övningsmaterial för biomolekylernas strukturer finns under Files och görs som självstudier.

Laborationer: Manual för de tre laborationerna finns under Files. 

Biolabbet ligger på 4e våningen, sal se schemat. Laborationerna är obligatoriska. Om man inte har genomfört alla laborationer får den laboration som fattas kompletteras nästa år. Anmälan till labgrupper sker här i Canvas. Läs noga igenom handledningen innan laborationen och tänk igenom vad som ska göras. Detta underlättar både själva laborationen och senare inläsningen inför tentamen.

Det ingår 3 laborationer i kursen:

1. Mikrobiell odlings-labb (teoretisk version i år) med redovisning av resultat som inlämningsuppgift
2. Fotofosforylerings-labb med redovisning på ett efterföljande obligatoriskt seminarium
3. DNA-labb med redovisning av resultat i samband med labbtillfället

Glöm inte att ta med egen labrock till labtillfällena

 

Inlämningsuppgifter:

Mikrobiell odling (se labbhandledningen för labb 1), Inlämning av rapport via mail till cecilia.geijer@chalmers.se med deadline 15 september kl 23:59

Translation (uppgiften kommer finnas under Files). Inlämning sker via mail till cecilia.geijer@chalmers.se med deadline torsdag 8 oktober kl. 23:59

Vid retur lämnas korrigerad uppgift in efter senast 5 dagar.

 

Förändringar sedan förra kurstillfället

Ny upplaga (4de) av kursboken. Ny examinator (CG) och föreläsare (JL). Pga Covid-19 ges föreläsningarna i år online. Labb 1 har omvandlats till en teoretisk version och redovisas som inlämningsuppgift, detta för att möjliggöra mindre labbgrupper och fysisk distansering enligt rekommendationer vid labb 2 och 3 som utförs på campus. 

 

Lärandemål

Studenten ska kunna

-identifiera utifrån molekylstruktur olika klasser av biomolekyler och beskriva dessa biomolekylers uppbyggnad, strukturella egenskaper och funktion och ha fått en orientering om biokemisk separation

-beskriva prokaryota och eukarota cellers uppbyggnad och struktur

-beskriva och förstå principer vid tillväxt av mikroorganismer och mikrobiell odling, beräkna odlingsparametrar samt ge exempel och beskriva bioteknisk produktion med mikroorganismer och/eller enzymer

-beskriva de molekylära principerna för transport och enzymkatalys och kunna använda Michaelis-Menten kinetik

-beskriva och förstå hur information lagrad i DNA replikeras och hur denna information används för bildning av proteiner via transkription och translation och ha fått en orientering om hur denna kunskap kan användas i molekylär bioteknik och rekombinant DNA- teknik

-beskriva och förstå grundläggande principer för cellens metabolism och dess reglering och beskriva och förstå funktionen hos centrala metabolismvägar och hur ATP bildas i olika biologiska system

-utföra laborationer i biokemi/biologi/molekylärbiologi

 

Examination

Tentamen är skriftlig med betygen 3, 4 och 5 och man får inte ha några hjälpmedel under tentamen.  Betygsgränser är 5 = 85-100 %, 4 = 66-84 % och 3 = 50-65 % av max poäng.

För godkänd kurs krävs även godkänd laborationskurs. Dessa delar rapporteras separat och ger 6 resp. 1.5 hp. Slutbetyg ges först när båda delarna samt inlämningsuppgifterna är godkända och baseras på tentamensbetyget.

Troligt datum för tentamen är för ordinarie tillfälle 26/10-2020 em och omtentamen 5/1 fm samt 17/8-2021 em.

 

Länk till kursplanen i Studieportalen Studieplan